黑羽毛鱼区分公母可以通过以下几个方面来观察：
体形：雌鱼腹部膨大突出、圆滑松软，而雄鱼腹部较小，不会特别突出，体形相对修长。
体色：雌鱼的体色相对较淡，胸腹部鳞片呈白嫩色或微黄色，而雄鱼的体色则较深，胸腹部有较多的灰黑色、蓝黑色花纹，成熟时体侧可能呈现出暗紫红色。
鳍条：雌鱼的背鳍上斑点较大、模糊，排列不规则，可能呈半透明淡黄色；尾鳍上有2条黑色斑纹。而雄鱼的背鳍上的圆点较多，自下而上排列整齐；尾鳍上有3条以上的黑斑纹。
生殖孔：雌鱼的生殖孔大而突出，呈圆形或椭圆形，充分成熟时呈鲜红色。雄鱼的生殖孔则狭小而微凹，呈三角形，充分成熟时呈微红色，红色圈较小。
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