高山姬鼠体形略大，体重平均39.34g，头体长平均105.88mm，尾长平均88.48mm，占头体长的83.57%。耳小，平均长15.59mm，向前折达不到眼角。
高山姬鼠体背及四肢外侧呈赭褐色而偏赤，其间杂有黑毛并向背中线密集，致色更深暗，但不形成黑线，毛基深灰。眼周毛色鲜淡，大多数个体构成淡色环。耳壳两面均被短毛，与附近的颜色一致。
下体从颏到肛门，包括四肢内侧毛白色而带深灰毛基；体侧未见黑毛参杂故色鲜艳。足背灰白。尾二色，从黑棕渐转向白色的腹面；尾毛短细而疏，未能遮盖鳞环。有些个体的尾基及四肢内侧背腹交界处有鲜艳橙黄毛区。
高山姬鼠颅骨为该属中较大者，颅全长平均28.33mm。颅顶前额微凸，眶上脊明显，从眶间作弧形向顶骨延伸成颞脊，再后延达顶骨外缘的中央；鼻骨与额骨连接处有纵行的微凹。门齿孔短宽，其长5.61mm，后缘刚达第1上臼齿前缘横线。腭长平均12.84mm，后缘超过第3上臼齿的后缘横线。听泡中等，听泡长不低于5.3mm。
高山姬鼠第1上臼齿齿冠长等于第2上臼齿加第3上臼齿的和，3横脊各有3个齿突，各横脊的中央齿突最大，位置颌前，舌缘3齿突明显，t1后移；有些个体在后跟外有副齿突，以幼体更明显。第2上臼齿舌缘的3个齿突发达，前外角没有齿突，后外角退化但还留下纤细的小尖。第3上臼齿舌缘齿突成2叶。
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