食物包括蛋、鸟类、软体动物、啮齿动物、昆虫、螃蟹、小型蜥蜴、鱼类和腐尸等。红树巨蜥是唯一一种可以在较深水域捕捉鱼类的巨蜥。在某些地区据称还会捕食未成年的鳄鱼。南马里亚纳群岛的红树巨蜥食谱正在发生重大变化，原因是其传统食物正在减少。
关岛的红树巨蜥主要以鼩鼱为食，但因为棕树蛇入侵关岛而造成鼩鼱数量减少，红树巨蜥因此转向以无脊椎生物为食，偶尔也会去翻人类的垃圾箱。它也是关岛上少数几种可以对棕树蛇构成威胁的生物之一。
红树巨蜥主要栖息于红树林、海岸边的草原或雨林等近水区域，也有部分区域的个体生活于离水较远的区域。食物主要以昆虫、小型哺乳类、鸟类、蜥蜴、乌龟、鳄鱼卵、软体动物为主。巨蜥性好斗，较凶猛，遇到危险时，常以强有力的尾巴做武器抽打对方。
巨蜥在遇到敌害时有许多不同的表现，如立刻爬到树上，用爪子抓树，发出噪声威吓对方;一边鼓起脖子，使身体变的粗壮，一边发出嘶嘶的声音，吐出长长的舌头，恐吓对方;把吞吃不久的食物喷射出来引诱对方，自己乘机逃走等等。
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