1、健康问题：由于杂交过程中可能出现基因缺陷和遗传疾病，混种猫的健康状况更难以确定并需要更加注意；
2、无法预测外貌和性格：由于基因杂交无法准确预测后代的外貌和性格，所以无法保证你将得到符合自己期望的“理想”宠物；
3、缺乏文化认同：购买纯种猫可以让你更好地学习和了解不同品种猫的历史、行为习惯和照顾要求，在你选择适合自己的宠物时会更有帮助。
4、缺乏可信赖的饲养记录：由于混种猫可能来自不同的家庭和养殖者，因此难以确定它们在成长过程中接受到的营养、医疗和社交化水平；
5、可能导致流浪动物问题：如果没有进行严格的生育管理和责任养护，混种猫会产生更多的无人领养流浪猫，加剧城市流浪动物问题；
6、对纯种猫的威胁：随着人们对混种猫的需求增加，可能会使得越来越多的养殖者将精力投入到生产混种猫上而忽略纯种猫的繁殖，从而危及某些纯种猫的数量和保护。
7、难以确定纯度：混种猫可能拥有多种不同的品种基因，这使得混合程度更难区分和确认。这会给领养者和兽医在诊断和治疗上带来困难；
8、价格波动较大：由于混种猫的外貌无法预测并且数量有限，它们的价格通常具有相当大的波动性，这使得它们可能比纯种猫更昂贵，并且价格变化也更加不可预测；
9、无法避免假冒行为：由于缺乏基于血统证明的认证机制，混种猫市场容易滋生造假和欺诈行为，购买时需要特别小心，以避免受骗。
10、可能存在脾气不稳定等行为问题：混合基因可能导致行为的不可预测性和不稳定性，这可能需要更多的训练和社交化工作才能解决；
11、低品质养殖环境：许多以生产混种猫为主业的养殖场通常不会像专门繁殖纯种猫的养殖者那样注重动物的福利和健康，因此这些猫可能处于较差的养殖条件下长大；
12、责任问题：由于混种猫没有固定的血统证明和价值评估，它们普遍被视为经济负担，很容易被当成商品一样出售、抛弃或忽视。同时，未经适当培训和准备就领养猫也可能给新主人带来困难与责任。
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