折耳猫配种过程：
1、远血系交配
折耳猫一定要找血系较远的猫咪去配种，可以杂交品种有英国短毛猫和美国短毛猫，与其他品种交配很容易配出骨骼变形的猫咪。切记不可与瘪鼻子猫（加菲、波斯）交配否则出现歪嘴歪脸的几率很大。
2、区分品种
折耳猫有两种一种是折耳另一种是立耳（折耳立），无经验的繁殖者一般很难区分折耳立和纯种短毛猫的区别。如果折耳猫和折耳立配种，一旦交配成功，后果很严重，缺陷基因全部会爆发出来。
3、与正常品种交配
只有美国的CFA仍然认可苏格兰折耳猫，但唯一允许进行的配种繁殖方式，是用杂合折耳猫与正常猫咪(通常为英国短毛猫)交配，这样的后代有50%的概率为杂合折耳猫，50%的概率为正常立耳猫。近年来研究认为，杂合折耳猫同样会存在骨软骨发育不良，且即便立耳猫后代仍可能携带缺陷基因，所以，越来越多的兽医和繁育者认为，应该彻底停止折耳猫的繁殖。
折耳猫的缺陷
折耳猫有遗传性骨骼疾病：软骨骨质发育异常；所有的折耳猫都会有这种疾病。这是因为基因缺陷造成的结果，有研究表示，引起折耳和软骨发育不良的基因都是同一个（F基因），也就是说携带这个基因的折耳，都会有骨软骨发育不良（OCD），只是症状轻重的区别。