折耳猫是有一只有软骨基因的猫和正常猫配出来的，也有可能是两只有软骨基因的猫培育而成的。
折耳猫一定要找血系较远的猫咪去配种，可以杂交品种有英国短毛猫和美国短毛猫，与其他品种交配很容易配出骨骼变形的猫咪。切记不可与瘪鼻子猫（加菲、波斯）交配否则出现歪嘴歪脸的几率很大。
折耳猫是由折耳的软骨发育不良基因(F基因)和正常的立耳基因(f基因)交配，或者两只F基因交配培育的。而这个F基因就是软骨发育不良的基因，会影响猫咪整个身体的软骨，并且这个病症会伴随折耳猫的一生，发病的时候会经历巨大痛楚。
只有美国的CFA仍然认可苏格兰折耳猫，但唯一允许进行的配种繁殖方式，是用杂合折耳猫与正常猫咪(通常为英国短毛猫)交配，这样的后代有50%的概率为杂合折耳猫，50%的概率为正常立耳猫。