日本猕猴是一种中型矮壮的猴子，体长47-60厘米；尾长7-12厘米；重量8千克-11千克。尾巴相对短，不到头体长的四分之一。颜面瘦削，头顶没有向四周辐射的漩毛，呈棕色，额略突，眉骨高，眼窝深，肩毛较短。有红色的脸颊，眼睛表情丰富。体背有一个厚厚的，毛茸茸的皮毛大衣，从灰色到棕色，有时还会有一些斑点。
在冬季猕猴的北方部落会换上厚厚的冬毛，以保存体温。夏季则会换上较轻的皮毛。四肢和下腹部为红色，有光泽，腿部的灰色较浓。两耳多为肉色，臀胝发达，多为肉红色。成年雄猴的体型要比雌猴大得多。有可以储存食物的颊囊，通常四肢基本等长。
日本猕猴面部裸露无毛，轮廓分明，眼眶由骨形成环状，使两眼向前，眼间的距离较窄，视觉发达，立体化，可以在树林之间活动时较准确地判定距离，辨别色彩，但嗅觉退化，头骨的构造也随之改变；
日本猕猴的鼻孔朝前向下紧靠。牙齿32枚，齿尖低，齿式为异齿型，分为门齿、犬齿、前臼齿和臼齿，颊齿通常为丘型齿和低冠齿，臼齿呈四方形并有4个较低的锥状突起，适于咀嚼；锁骨发达，四肢关节灵活，上腕部及大腿部由躯干部分离，因而前后肢可以前后左右自由运动，前腕和小腿的2根骨头分离而且松松地连接在一起，不必连带躯干即可回转前后脚，适合握住树枝；通常只胸前有一对乳头；有盲肠；四趾上都具有5指（趾），具扁平的指甲，可以灵活而稳定地抓握树枝，指（趾）的端部仅盖住指（趾）头背面的扁平指甲，突出的指（趾）部有发达的指（趾）纹，触觉灵敏，还有防止滑落的作用；掌面和跖面裸出，具有发达的两行皮垫，手脚的拇指（趾）和其余4指（趾）相对，可以握合。
日本猕猴生活在北纬31°-41°度之间，栖息地属于亚热带低地和亚高山地区。在日本的中部和北部地区，范围温度为-15°C，雪深1米多，夏季温度23°C。这些猴子可以在-15 °C 的严酷环境中生存，栖息范围包括落叶林、阔叶林和常绿林。这在灵长目动物生活的地方比其他任何一种猴子更靠北。人们能够在高山森林里与岩石众多的小山坡上发现它们，因为这些地方积着很厚的雪。
日本猕猴栖息于丘陵森林、高原和山区，在日本四个不同的区域。在本州岛的西北部分，针叶树和落叶树是这里的优势植被。在日本中部地区的猴子，可以在长野县山附近的一些由志贺高原火山加热的天然温泉中找到。第三个区域是大岛的岛上和海边，在洪托半岛。在这些北方地区，它们会凭经验在冬季和夏季前往不同地区。栖息地的最南部是压库志摩岛南部。在分布有亚热带和温带植物的常绿阔叶林可以看到它们。
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