猫鼻支的临床症状主要是引起上呼吸道感染和一些结膜炎，上呼吸道感染可能会表现为频繁的打喷嚏、咳嗽、食欲不振、精神萎靡、流鼻涕，同时也会出现发烧等症状，结膜炎也可能会表现为下眼睑可视黏膜潮红、流泪。有一些小猫可能甚至表现两只眼睛大小不一的情况，也就是俗称的大小眼。如果病情继续发展，有可能会出现有高烧、休克甚至是死亡的。
猫咪感染猫鼻支之后，由于经常会流泪侵蚀到眼部周围的毛发，也会导致眼睛周围的皮肤出现发红、脱毛的情况，猫咪感染猫疱疹病毒之后也非常容易继发一些细菌感染，之后也会导致猫咪的呼吸感染加重，也可能会诱发肺部的感染，甚至威胁到猫咪的生命。