凤头䴙䴘雌雄的区别主要在羽毛颜色上。
雄性凤头䴙䴘通常体型较大，体重也比雌性重一些。它们的羽毛颜色以绿色为主，胸部和腹部羽毛为鲜艳的红色。头部羽毛呈深蓝色，颈部羽毛为黄绿色，而嘴周围的羽毛呈现红色。此外，雄性凤头䴙䴘的眼睛周围会有一圈蓝色的裸露皮肤。
雌性凤头䴙䴘的羽毛颜色相对较为暗淡，主要为绿色或暗绿色。胸部和腹部羽毛为浅红色或淡粉色。头部颜色和雄性相似，但颜色相对较浅。眼睛周围的裸露皮肤为灰色。
性别的另一种区分方法是观察眼睛。雄性凤头䴙䴘的瞳孔通常呈圆形，而雌性的瞳孔则呈椭圆形。
需要注意的是，凤头䴙䴘的性别区分不是非常明显，而且不是所有个体都会表现出上述特征，因此最好通过对比多只凤头䴙䴘的外貌特征来判断它们的性别。