硝化菌用多了鱼不会死，不过加多了会导致浪费，进而影响到水质，水质差了自然会影响到鱼，因此在使用时要遵循适量的原则。它本身对鱼儿并没有直接的影响，只会转化水中的氨氮，而氨氮对鱼类来说本身就是有益物质，所以对其健康还有一定的帮助。
在投放鱼类前，首先要在鱼缸中加入硝化菌建立硝化系统。另外刚加入硝化菌的时候水会呈现短暂的浑浊状态，此时不要贸然换水。等待一段时间后，硝化系统即可建立完成，此时它们可以起到良好的净化水质作用。
硝化菌的作用
硝化菌可快速消除水体氨氮和亚硝酸盐，净化水质；养殖池或者水中会产生很多的氨气，使用硝化菌可以避免氨气对鱼造成太大的影响，水池里面是有很多的细菌，维持水中的微生物平衡非常重要，而硝化菌就能够起到这样的作用。
使用硝化菌的注意事项
勿与消毒杀菌药剂同时使用
为了避免净水细菌被杀灭，切记勿与消毒杀菌药剂同时使用，如果必须使用杀菌药剂或治疗鱼病的药剂，需等药物使用至少一星期以上再进行使用净水细菌。
要注意调整适合细菌生长的温度
在净水细菌的使用过程中，能有效地控制在最适宜的水温条件下，当然其发挥的效果也是最理想的。
要注意调整适合细菌生长的ph值
在净水细菌的使用过程中，必须注意水质酸碱度ph的变化。例如：淡水硝化细菌在ph值等于中性时的效果最佳，在酸性水质中效果最差，因此若能将水族箱中的水质调整至中性或弱碱性，它的净水效果会好一些。
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