矮脚猫并不是有基因缺陷，它其实是基因形成的一种品种而已，其实矮脚猫的起源至今不明。经过繁育，人们发现它的腿比正常的猫要短许多，所以就保留下来进行了定型培养。矮脚猫虽然没有基因缺陷，但一定要严格的按照矮脚的品种进行繁育。
另外，矮脚猫的繁育确实有一定的难度，因为出现矮脚是基因突变的结果，它遵循显性遗传的模式，是属于一种常染色体的显性遗传，所以即使是两只矮脚猫交配，后代也有可能不是矮脚。这可能也是有些国际协会（如CFA国际爱猫联合会）不承认矮脚猫品种的一个原因。
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