硝化菌的主要作用就是净化水质。在养鱼的过程中，保持水质良好是一个重要的任务。除了换水之外，还有一个好方法就是使用硝化菌。硝化细菌是一种用于控制养殖池水自生氨浓度的处理剂，能够起到除氨的功效。使用方便，效果立竿见影。使用时直接将制剂散布于池中就可以。
硝化菌可以分解一些有机物，将水中的杂质清理掉，起到改善水质的作用。但要注意硝化细菌怕光，怕的是紫外光，而且也不仅仅是硝化细菌怕，所有的细菌都会怕紫外强光。这就晒被子杀菌道理相同。并不是硝化菌怕光，而是怕紫外强光。
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