反硝化菌的作用是降低水中的氮素含量，以防止水体污染。铲屎官们购买新水族箱应采取一定措施后再投放硝化细菌。
不少铲屎官在新购水族箱中加满自来水后，立即倒入大量硝化细菌，所谓“开缸”，应该知道硝化细菌也需要废物（氨氮、亚硝态氮）做“食物”，在新水中往往缺少这些物质，造成硝化细菌活化后，由于缺少“食物”而大量死亡，反而影响了水质。空缸培养硝化细菌很慢，可以放一些试水的鱼，增加水的活性或者铺上底泥，使硝化细菌有可以吸收利用的氮元素和其他有机物质，这样才能促进硝化系统的建立。
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