硝化细菌是常见的一类细菌，包括亚硝酸菌和硝酸菌两种完全不同的代谢群，其中亚硝酸菌有亚硝化单胞菌、亚硝化球菌、亚硝化螺菌、亚硝化叶菌等，硝酸菌有硝化杆菌、硝化球菌、硝化囊菌等，两类硝化细菌都是专性好氧菌，在氧化过程中均以氧作为最终电子受体。
硝化细菌在渔业生产中应用最广泛，例如养殖池中的有毒物质主要是氨和亚硝酸，这两种有毒的物质都可由硝化细菌所消耗并生成无毒的硝酸盐，硝酸盐又是藻类的最佳氮肥，若硝化细菌缺乏水中的氨含量将急速增加，严重时养殖池中的鱼、虾、蟹将大量死亡。
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