接种疫苗会有引起不良反应的风险。然而，与不接种疫苗的风险相比，几乎微乎其微。过敏反应是一种罕见但危及生命的疫苗接种反应，几乎立即发生，通常在接种后几分钟至24小时内，造成休克、呼吸衰竭和心力衰竭。过敏反应通常发生在接种狂犬和猫白血病等灭活疫苗之后，发生几率是1/15000。
另外，每10000-30000只猫里面有一只猫在接种了疫苗后，会产生肿瘤。这些纤维肉瘤通常在接种疫苗部位的结缔组织上生长，一般与猫白血病疫苗接种有关，因此有些兽医建议只有当猫处于高风险时才接种这种疫苗。通常接种疫苗后会出现小面积肿胀，但如果持续超过三个月，就需要找兽医看看了。