小丑鱼的性别是由染色体上的性别决定因子决定的，具体来说是由一对染色体上的性别基因控制。在雌性小丑鱼中，性染色体为ZW，而在雄性小丑鱼中，性染色体为ZZ。与人类的性别决定机制不同，小丑鱼的性别是由雌性基因决定机制。
不过，这里需要指出的是，小丑鱼的性别并非完全由基因决定。环境因素也会对小丑鱼的性别表达产生影响。当群体中的雌性小丑鱼死亡或缺少雄性个体时，处于次级雄性阶段的个体将会被诱导转变为雄性来取代雌性的角色。这种性别转变被认为是一种社会性别转变，也受到雄性激素的调节。此外，食物资源的充足性、个体的社会地位和竞争等也可能影响小丑鱼性别的转变。
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