巨头麝香龟是杂食性的乌龟，各类食物都是可以吃的。具体来说，肉类有牛肉、鸡肉、小鱼等，蔬菜类有菠菜、西红柿，水果类有香蕉、苹果，另外还有米饭等谷物类。在巨头麝香龟的生长速度比较快的时候，最好每天都给它们喂食。
对于成龟一周只需喂2到3次，对于处于快速生长中的幼龟每天或每两天喂一次。麝香龟是高度食肉的：小龙虾、蜗牛、昆虫和蠕虫构成了它们食物中的大部分。也吃一些植物例如浮萍。许多市场上商业特制的龟类食物是麝香龟很好的食物。因为它们在底部寻食，大多数特制的食物又浮在水上，麝香龟所以要让它们认识到这些是食物就需要一些时间。由于这种寻食的适应过程，在清洗之前应让食物下沉并在底部停留一段时间。
钙的额外补充是重要的。钙粉可以撒在所有的食物上。建议室内饲养的应补充钙和维生素D3，户外饲养的应补充钙而不需维生素D3。同样推荐预备一块墨鱼骨，以便其需要时啃食。如果不喂商业上特制的龟食或活鱼的话，各种维生素的添加就是重要的，以使其进行正常的脂肪代谢。冷冻处理过的鱼破坏了维生素E，而维生素E对于健康的麝香龟来说是一种很重要的成分。其中一些种类在自然界中冬眠。在对其方式进行仔细研究后表明这样做是安全的，应为此准备冬眠的设施。
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