当温度低于10°C时，麝香龟会进入水底污泥中冬眠，在冬季时，可以将水温保持在10度左右，让它们自然进入冬眠的状态即可。
麝香龟主要栖息在大型的泉涧、溪流、河流、沼泽以及灰岩坑所形成的池塘中，当温度低于10°C时，麝香龟会进入水底污泥中冬眠。麝香龟是典型的杂食性动物，举凡植物、甲壳类、小鱼、昆虫甚至是动物残骸等无所不吃，不过它们的觅食主要是在水底的污泥上进行。
巨头麝香龟小龟于冬眠后，最易出现的状况有“冬眠后厌食症”、脱水、眼睛无法睁开、四肢无力、口腔发炎、呼吸系统出毛病、皮肤病、因缺乏维他命而虚弱、感冒等。根据各方面的研究，于冬眠结束后，逐日把温度及湿度，慢慢提高，接着让小龟先进食水分、糖分较多之新鲜蔬果，如蕃茄、香蕉、提子等，之后投喂身型较小的昆虫或鱼，甚至可把新鲜的饲料喂饲。正常来说，该会在1至2周后恢复正常进食;在饲料上撒上钙粉及维他命补充剂，可使小龟更快回复状态。如超过3星期以上，还未开始进食，就要施行灌食了。
而口腔发炎、皮肤病之处理方法，则用药水给它每天涂抹，但要保持它们在干爽之情况下施行。同时灌喂维他命C于病龟。呼吸系统出毛病的处理方法，是逐渐增加温度和湿度，至平日它们的适温度，甚至可把湿度稍稍提高，并维持一个星期。感冒的医治方法，提高温度至摄氏29至30度左右，减低湿度，并维持一个星期;同时灌喂维他命A、C、E于病龟，感冒处理不当，会转变成肺炎，不可不慎。
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