鹰嘴龟简单点分辨就看尾部，雄性尾巴细长，雌性则粗短，也可从排泄孔位置及形状分辨出雌雄，公龟的位置接近尾端，孔形长形，母龟的位置接近腹甲，孔形圆形。
以下是分辨鹰嘴龟公母的几点：
1.母的肚皮是平的，公的是凹的;
2.雄体有浓烈异味，雌龟有较淡的异味;
3.雄性泄殖孔距腹甲远，雌龟泄殖孔离腹甲近;
4.一般来说，头一直伸着的则是母的，而一直缩着的则是公的;
5.雄龟个体较小，龟壳黑色，躯干部长而薄，尾长柄细，具有特殊臭味。雌龟个体较大，龟壳棕黄色，纵棱显著，躯干部短而厚，尾短柄粗，没有特殊臭味。
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