绿海龟列入《世界自然保护联盟》(IUCN) 2004年濒危物种红色名录ver 3.1——濒危(EN)。绿海龟列入《华盛顿公约》CITESⅠ级保护动物。对海龟影响最大的是渔捞活动，为拖网渔业。大型拖网业，在网底层加上铅条航行，除了人类爱吃的高经济价值渔种一网打尽之外，连栖息海底的虾蟹、海中洄游的海龟都无一幸免。渔业活动混获的情形，已经大量过度浪费海洋资源，许多生物死於非命，台湾的绿海龟同样也受此威胁。
绿海龟的成龟因体型硕大、背及腹甲坚硬且游泳速度迅速，因此，除了人类之外，几乎没有什么主要的天敌。虽然曾经有成龟失去一只鳍状肢或是鳍肢的末端有被噬咬的伤痕，但这种类似被鲨鱼或其他凶猛的动物如鳄鱼等攻击的状况并不多见。但小绿海龟的天敌却是非常多，在陆地有各种沙滩上的动物，如：家畜、沙蟹、浣熊、红蚂蚁、蛇、猛禽等都会对小龟进行攻击，在海中则有各种肉食性的鱼类如：鲨鱼、旗鱼等。由于缺乏足够的防御的能力、小海龟的背壳还不够坚硬、跑(游)的又不够快，因此很容易成为这些天敌的美食，小绿海龟在第一年的死亡率很高，研究资料估计，小于千分之一的小绿海龟能够长大为成龟。
在人为干扰方面，产卵栖地的破坏包括骚扰产卵母龟、不当挖掘龟卵、捕捉小海龟及不当的建设开发、挖取沙滩沙石移作他用、岸上灯光设置。骚扰产卵母绿海龟包括刻意的捕抓与无意的探访干扰，尤其以不知情游客的沙滩活动居多，因此海龟生态教育与生态旅游对保育绿海龟非常重要。过多的干扰会使母龟无法产卵，并可能永远放弃该产卵栖地;而不当挖掘龟卵、捕捉小绿海龟更是直接减少新生小龟数量，以上三因素都会使产卵栖地的绿海龟族群数量减少。
不当的建设开发、挖取沙滩沙石移作他用会使得沙滩变成砾滩，甚至消失。如此一来，母龟不但无处产卵，小海龟脱壳出后也会因爬不过砾石而晒死沙滩上。另外，岸上灯光设置，沙滩附近的路灯及或建筑物所发出的强光，会干扰凭借趋光性寻找海洋的稚龟，而找不到下海的路，过程中惨遭天敌的毒手或是曝尸道路上。
另外海洋的污染也会使得海龟感染疾病，残留的钓鱼线也可能缠绕海龟四肢或头颈造成海龟的断肢甚至死亡。以上这些人为的破坏，都严重降低海龟族群的存活率。
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