猫病毒性肠炎对外界的抵抗力强，传染性极强。一旦发病，应迅速隔离病猫，对病猫污染的饲具、用具、运输工具进行严格的消毒，消毒剂可采用3%的氢氧化钠、漂白粉、过氧化氢等。机器消毒可采用紫外线照射。
疫苗免疫是预防猫病毒性肠炎的根本措施。但是也不能排除出现免疫失败的情况，这和疫苗品质及免疫干扰有关。主要是疫苗毒株选取不当和母源抗体的干扰。疫苗应选用品质可靠的进口疫苗，首免时间一般认为在45日龄左右，考虑到10周龄以前亦是幼猫易感期，故提早注射疫苗，60日龄时注射六联苗，以后每隔2周注射1次六联苗，连续3次，以后每年免疫一次。
临床上发现猫或犬排出暗灰白色粥样大便，如果可以排除食物种类因素，则应首先怀疑病毒性传染病，应及时足量应用广谱抗病毒药物配合消炎药，早期广谱抗病毒药物的应用，可明显缩短疗程，提高临床治愈率。
猫、犬科动物的病毒性肠炎发生时，消化道出血发生很快，有的病历在发病后的第二天即出现烂番茄样腥臭大便。因此，在发病初始即应用止血药，对本病的治疗也有决定性意义。