澳洲牧牛犬受伤比生病多。
澳大利亚牧牛犬携带一种隐性的花斑等位基因，这种等位基因会使皮毛和皮肤上变白，并与先天性非遗传性耳聋有关，尽管携带花斑色素基因的狗可能存在多基因导致耳聋的原因。在一项研究中，大约2.4%的澳洲牧牛犬被发现两只耳朵都聋，14.5%的澳洲牧牛犬至少一只耳朵耳聋。
澳大利亚牧牛犬是受渐进性视网膜萎缩影响的犬种之一。它最常见的形式是，渐进性视杆锥体变性(PRCD)，这种情况会导致眼睛视网膜中央的视杆细胞和视锥细胞在晚年恶化，导致失明。PRCD是一种常染色体隐性性状，狗可以是受影响基因的携带者，而不会发展成这种情况。
髋关节发育不良在该品种中并不常见，尽管它经常发生，让许多繁殖者要对他们的种群进行繁育测试。
澳洲牧牛犬有一些遗传性疾病，但大多数都不常见。澳大利亚牧牛犬的遗传性脊髓灰质炎是一种非常罕见的由遗传生化缺陷引起的疾病。被确诊患有这种疾病的狗在出生后一年内就完全瘫痪了。
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