澳大利亚牧羊犬窝咳主要服用四环素类的药物，比如盐酸多西环素。犬窝咳是指由细菌引起的呼吸道感染，临床症状主要以咳嗽为主，咳嗽较严重时狗狗会出现干呕等异常情况。建议到宠物医院做一下血常规和炎性反应蛋白检测，以便了解狗狗体内的炎症情况，若炎症较重，单纯口服消炎杀菌药的效果一般较差，需要配合打针治疗。
治疗此病还可通过雾化器使狗狗将药物吸入呼吸道，治疗效果比较明显，但是在治疗的过程当中需要注意不可刺激狗狗的气管，以免对气管造成二次损害；在治疗的过程当中，也最好将患病的狗狗进行隔离治疗，避免传染给健康的狗狗。
与任何疾病一样，预防是最好的治疗方法。在他们面前时要警惕其他的狗。让狗远离有任何症状的狗。定期检查保持你的狗健康，并提高他与维生素C的免疫力。虽然澳大利亚牧羊犬咳嗽通常不严重，或致命，它是不愉快的，可能会导致严重的健康问题。