犬窝咳具有极强的传染性，一旦发现小鹿犬患有犬窝咳，就需要尽快隔离治疗，避免交叉感染。可以遵照医嘱让小鹿犬服用一些抗病毒的药物，也可以让小鹿犬辅助服用止咳、化痰的犬窝咳专用兽药，必要时可以进行超声波雾化治疗。
1、隔离治疗
犬窝咳是一种传染性极强的犬类支气管炎，因此，一旦确诊了患有犬窝咳的小鹿犬，就应该迅速地采取有效的隔离措施，避免交叉感染。在治疗犬窝咳的过程中，隔离是一种必要且重要的手段，可以防止传染，对治疗也有一定的好处。
2、抗病毒
犬窝咳是由病毒感染引起的，因此，在确定了小鹿犬患有犬窝咳时，首先应该采取抗病毒的治疗方案。例如，鱼腥草、病毒唑和转移因子等等，都可以让小鹿犬有较为明显的好转。
3、止咳化痰
犬窝咳其实就是犬类支气管炎，因此在治疗的过程中应该以止咳、化痰为辅。例如让小鹿犬服用一些针对犬窝咳症状，有止咳作用的兽类专用药，必要时可以带小鹿犬去正规宠物医院进行超声雾化吸入治疗。