巢鼠属小型鼠类，体长5~8厘米，体重8g左右，体型比小家鼠更小，耳壳短而圆，向前拉仅达眼与耳距离之半，耳壳内具三角形耳瓣，能将耳孔关闭。尾细长，多数接近体长或长于体，乳头4 对，胸部2对，腹部2对。
巢鼠头骨狭小，脑颅较隆起，颧弓细弱，颧弓比小家鼠窄，鼻骨比小家鼠短小，鼻骨后缘达不到前颌骨后缘连线，无眶上嵴和颞嵴，巢鼠顶骨和顶间骨的联合缝在中部平直，巢鼠两侧成两钝角而小家鼠顶骨和顶间骨的缝不平直而成一锐角。
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