大斑马鱼感染雌锚头虫，可以逐个地把成年的虫子摘下来，但是这是一个很长的过程，而且对鱼有潜在的危害。使用3%的盐溶液短期浸泡 也可以把虫子从一条条鱼身上除掉。现在有水族箱处理剂能 杀死成虫。也池塘里，重复使用抗原生动物处理剂能杀死幼虫。使用敌百虫也可以杀死成虫。
大斑马鱼感染黑斑病，新型抗寄生虫处理剂能杀死寄生虫，但是黑斑点一旦形成，就会留下痕迹。 最有效的预防措施就是打破寄生虫的生长周期 ，通过确保水鸟不靠近池塘或水族箱，并且没有被寄生虫寄生的螺出现的方法。
大斑马鱼感染真菌病，在水族箱里，通过检验水是否处于良好状况，水是否处于适合的温度，并且水是否不太偏碱性（淡水水族箱最好是PH7.2），可以预防可能发生的传染。很多处理剂被推荐使用，但是其中有些有严重的不利因素。盐水浴是淡水鱼类疾病传统的治疗方法，但是会引起不适当的刺激，需要经常变换方法，而且单独使用不是特别有效。亚甲基蓝对轻微的病例有效，但是规定的用量会使水染上颜色，给持续检查病情的发展造成困难。可以把也孔雀绿涂在感染的区域上。有几种新型专用处理剂，这些处理剂通常对抗真菌有效。
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