对于斑点短鲷来说，比较容易患细菌性鱼鳃病和真菌性鱼鳃病。通常不良的环境常是造成斑点短鲷生病的主要原因，所以在饲养斑点短鲷的时候一定要注意饲养环境的清洁问题，同时注意食物的合理的搭配，这样才有可能让斑点短鲷健康的成长。毕竟在治疗过程中，不当的药量也可能对斑点短鲷本身造成伤害或不良影响。如果发现斑点短鲷生病了，就必须施以治疗，否则有可能病情会更严重。
1、细菌性鱼鳃病。平常要仔细地观察斑点短鲷的状态，当发现鱼鳃掀动情况不规则，与平常不一样时，就可以怀疑鱼是细菌性鱼鳃病。此时测量水质，通常都会发现水中的亚硝酸盐或硝酸盐的浓度太高。可用调整水质的新水进行2/3的换水，以及使用parasan D进行药水浴，也会有治疗效果。
2、真菌性鱼鳃病。其病因大多是因为新购买进来的鱼只是带菌者或者是所喂的活饵或水草上附着了病菌。所以，当斑点短鲷出现一点征兆时，就应立即予以隔离，不然还会还会传染给其他的鱼。可用Green F gold定量和粗盐投入水中，在照明阴暗的状态下较有效果，如果房间光线很亮时，可用报纸贴于水族箱外以遮蔽过亮的光线。
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