1、体型。当平背麝香龟还比较小的时候，基本没法区分。对于年龄相同的平背麝香龟来说，母龟的体型相对来说都是比较大的，公龟的体型较小。
2、尾巴。公平背麝香龟的尾巴都是又粗又大的，也比较长；母平背麝香龟的尾巴则看起来比较短小。
3、腹甲：公平背麝香龟的腹甲会有比较明显的部分凹陷进去，若是母龟的话则没有凹陷。
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