因为墨西哥地鼠龟的生殖器官都包在身体内，它们的长相又一样，所以没有一定的技巧就很难分清它们的性别了。但是只要懂得墨西哥地鼠龟交配的姿势，就可以分辨出来。
墨西哥地鼠龟交配时是采用雄上雌下的姿势，为了避免交配时由雌龟壳上滑落，所以雄龟的腹甲略为凹陷，正好可以卡住雌龟突起的背壳；但是雌龟就不需要这种构造，因此腹甲是平的。只要把墨西哥地鼠龟翻过身来，用手指触摸腹甲的幅度，就能很快辨出雌雄了。
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