哥伦比亚泥龟雄龟的大腿和下肢有角质的连结物，雄龟与雌龟的尾巴末端都有角状的尾刺。哥伦比亚泥龟雄龟体型较大，尾巴长而粗；而雌龟体长通常在15cm左右，尾巴较短。
哥伦比亚泥龟雄龟排泄孔距离尾端较近，而雌龟距离甲壳较近。哥伦比亚泥龟雄龟的肚皮是凹进去的，而雌龟的则是平的。
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