东部箱龟的雌雄比较容易分辨，东部箱龟雄龟的尾巴较为粗壮，雌龟的比较细小。除如依据尾巴判断外，还可通过东部箱龟的体型与眼睛来鉴别。
东部箱龟雄龟个体的甲较长，后部比前部宽，腹甲凹陷，眼睛的虹膜为红色。东部箱龟雌龟个体的甲壳较宽，腹甲平坦无凹陷，眼睛的虹膜为黄褐色。
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