巨型侧颈龟雌雄分辨有几下几种，首先看体型大小：巨型侧颈龟雌龟体形圆厚且大，雄龟体形较薄而小。其次看尾巴形状：雌龟尾细且短，尾基部细，雄龟尾粗且长，尾基部粗。
最后可以看泄殖孔位置和形状：雌龟泄殖孔距腹甲后缘较近，且泄殖孔位于腹甲以内，孔形圆形，雄龟泄殖孔距腹甲后缘较远，泄殖孔位于腹甲以外，孔形长形。
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