公黄头侧颈龟的体型较小，并且腹部向内凹陷，它们的尾巴比母黄头侧颈龟的尾巴要长，且尾基部较粗，泄殖孔离身体较远，而母黄头侧颈龟的体型较大，腹部平坦，尾巴较短且尾基部较细，泄殖孔离身体较近。
分辨黄头侧颈龟首先观察体型，一般情况下成年后的公黄头侧颈龟体型要小于母黄头侧颈龟，并且腹部向内凹陷。反之，母黄头侧颈龟的体型较大，并且腹部是平面的。
其次，多只黄头侧颈龟进行分辨，可以看出基本上尾巴较长都是公黄头侧颈龟，尾巴短的就是母黄头侧颈龟。并且公黄头侧颈龟泄殖孔距离身体也比较远，母黄头侧颈龟的比较近。
另外，公黄头侧颈龟的尾巴虽长，但是尾基部粗大，而母黄头侧颈龟的尾基部较细。不过，年幼的黄头侧颈龟是难以辨别公母的，因此，要想分辨黄头侧颈龟公母至少需要等到成年。